El balanç de comptes anual que el Museu Escolar de Puçol publica obertament recull tant els ingressos de l’administració pública i d’entitats privades com les despeses i la seua deguda justificació de l’exercici corresponent. L’objectiu és la transparència total de la situació econòmica i financera de la fundació.
L'Ajuntament d'Elx subvenciona la Fundació Projecte Puçol amb 190.000 € anuals.
